Chuyến thám hiểm khảo sát trước đến Nam Mỹ bao gồm 2 chiếc tàu HMS Adventure và HMS Beagle dưới sự chỉ huy chung của hạm trưởng người Úc Phillip Parker King. Trong cuộc khảo sát, thuyền trưởng của Beagle, Pringle Stokes, đã tự tử và quyền chỉ huy con tàu này đã được trao cho nhà quý tộc trẻ Robert FitzRoy, một người cháu của George FitzRoy, Công tước thứ tư của Grafton. Khi thuyền của một con tàu bị lấy bởi thổ dân Fuegians, FitzRoy đã giữ một số người của họ làm con tin. Sau khi họ trở về xưởng đóng tàu Devonport vào ngày 14 Tháng 10 năm 1830, hạm trưởng King về hưu.[4]

FitzRoy lúc đó 26 tuổi hy vọng sẽ được chỉ huy một đoàn thám hiểm thứ hai để tiếp tục khảo sát Nam Mỹ, nhưng khi nghe nói rằng các thành viên ủy ban Hải quân không còn hỗ trợ cho cuộc thám hiểm này, ông quan tâm đến việc làm thế nào để đưa những người Fuegians, đã được dạy tiếng Anh với ý tưởng rằng họ có thể trở thành nhà truyền giáo, trở về. Ông đã thỏa thuận với một chủ tàu thương mại nhỏ đưa ông và năm người khác trở lại Nam Mỹ, nhưng người chú tử tế khi nghe chuyện này đã liên lạc với ủy ban Hải quân. Ngay sau đó FitzRoy nghe nói, ông đã được bổ nhiệm làm chỉ huy của tàu HMS Chanticleer để đi đến Tierra del Fuego, nhưng vì cần được sửa chữa nên đã được thay thế bởi Beagle. Vào ngày 27 tháng 6 năm 1831 FitzRoy được giao nhiệm vụ chỉ huy chuyến đi.[5]